高品質ボーリングでは、ボーリングコアの見栄え（乱れのないコア、人為的な割れ目のないコア）が重要です。ボーリングコアのコア箱への収納を考慮して、メートルごとの区切り（例えば、1.00mや2.00mの区切り）でコアチューブを上げて、コア箱ではボーリングの区切りが分からないようにするとボーリングコアの見栄えが良くなります。

ボーリングコアをコア箱へ収納する際は、末端部（上部）のスライムや崩落物を取り除き、ボーリングコア長を測り、削孔深度、ボーリングコアの上下方向を間違わないようにして、半割れ塩ビを下に敷き、所定の位置に収納します。ボーリングコアはビニールスリーブに入れたまま、衝撃を与えないよう注意します。コア箱の右端伸び代に隙間が生じる場合は、ボーリングコアが移動しないよう仕切り板等を詰めて固定します。
層理や片理の発達したコアは、最大傾斜方向をそろえると見栄えが良くなります。

コア写真の撮影は、色調、鉱物、粒子、組織、割れ目、風化程度、変質程度などの地質性状を的確に判読できる必要があり、拡大して使用することが考えられるので、可能な範囲で高解像度での記録が望ましいです。
撮影にあたっては、簡易な撮影架台と昼光用の写真撮影用アイランプ（レフランプ）またはLEDランプ等を用いると、安定した写真撮影が可能となります。

掘削作業の区切りやハンマー打診などによって人為的にボーリングコアを割った場合には、ピンや板等を用いてマーキングし、地盤や岩盤中の割れ目と区別できるようにします。最近では、残土処理計画を行う上で、重金属の有無を判定するために、帯磁率を測定するケースが多くなっています。そのため、目印をつける場合は金属製の素材は使わず、プラスチック製の素材を使用します。

ボーリングコアを収納したコア箱を運搬する際には、ボーリングコアを痛めることがないように細心の注意を払います。コア箱を運搬する際は、衝撃や振動等でボーリングコアが破損しないように保護材を用います。
コアの上側に半割れ塩ビを被せ、コア箱の内フタに発泡スチロールを入れて隙間をなくすなどの処置を取ります。

ボーリングコアの劣化等を防止するために、屋根があり雨水の凌げる場所に保管します。室内試験に供するボーリングコアについては、温度湿度管理を適切に行い、夏季においては乾燥、冬季においては凍結等に注意して管理する必要があります。
急速に劣化が生じる軟岩や未固結堆積物のコアの場合は、ビニール袋による封入や真空パックによる処置を行います。

ボーリングコアは、硬質、軟質、割れ目が多いもの、破砕帯のようにぜい弱なもの、未固結のもの等があり、厳密にはそれぞれの特性に応じて取扱い方法が異なります。
現在、当社では過去の高品質ボーリングコア採取事例を整理し、ボーリングコアの性状に応じたコアチューブからの取出し、コア箱への収納、運搬、洗浄、ボーリングコア写真の撮影、必要とされる期間の保存方法についてマニュアルを作成しています。
今後は、高品質ボーリングコア採取に際して、作業効率向上も加味した手順についても検討する予定です。