当社は地震直後に現地に入り、被害状況の緊急調査を実施しました。その後、地震研究推進本部による「平成28年熊本地震を踏まえた総合的な活断層調査」が計画され、当社は国立研究開発法人産業技術総合研究所（以下、産総研）からの委託を受け2016年度から3年間、布田川断層帯・日奈久断層帯の活断層調査を実施しました。

熊本地震の発生によって、その南方延長にあたる日奈久断層帯での地震発生が懸念されました。そこで、日奈久断層帯を中心に活断層の過去の活動履歴を明らかにするための調査が計画されました。日奈久断層帯の分布域を対象に地形地質調査を実施し、甲佐町白旗山出（2016年）、宇城市小川町南部田（2016年）、八代市川田町西（2017年、2018年）などでボーリングおよびトレンチ調査を実施しました。幾つかのトレンチ壁面に出現した活断層は、はぎ取り標本として採取され博物館等で展示されています。

布田川断層帯の分布範囲は阿蘇カルデラの手前までと考えられていましたが、今回の地震では阿蘇カルデラの内部まで地表地震断層が出現しました。そこで、その北端付近にあたる南阿蘇村河陽沢津野などでボーリング調査およびトレンチ調査を実施しました。また、布田川断層帯宇都区間の活動性を明らかにするため、益城町島田でトレンチ調査を実施しました。